自2025年1月5日起，深圳铁路将实施新的列车运行图。根据新图安排，深圳北站预计开行动车组列车992趟，深圳站预计开行动车组列车44趟、广深城际167趟、普速列车（含动集动车组）18趟，深圳东站预计开行普速列车58趟。
此次调图中，深圳北站首次开通直达广元的动车组（动卧）列车，包括日常开行的深圳北至广元G2244次以及按周末线模式开行的深圳北(汕尾)往返广元D962/3次和D961次，为前往该方向的旅客提供更多选择。此外，深圳北站还增加了14趟始发终到动车组列车，涵盖香港西九龙、汕尾、潮汕、黄山北、上海虹桥（上海南）、张家港等方向。
深圳东站恢复了往返成都西的Z334/1次、Z332/3次列车服务，同时深圳坪山站新增了多个方向如长沙、九江、南昌、柳州等地的始发动车组列车，进一步增强了深圳各地区的铁路运输能力，为市民提供了更加便捷的出行方式。
值得注意的是，深圳北往返上海虹桥的G644次、G643次及往返上海南的G997次、G998次动车组列车采取大站快车模式，仅停靠部分主要站点，有效缩短了旅行时间，提升了商务人士与急需出行乘客的效率。
